Çapraşık dişlerle ağız hijyeni sağlamak daha güçtür ve bu yüzden dişeti rahatsızlıkları ve çürükler daha kolay oluşur. Ayrıca çapraşıklıkta, çene eklem ilişkisi bozuk olduğunda çiğneme tam yapılamaz sindirim sisteminde bir takım problemler başlar. Alt ve üst dişlerin birbiriyle tam uyumlu olmadığı durumlarda, çene eklemine veya tek bir dişe fazla yük gelerek ağrılı ve tedavisi zor problemlere yol açabilir. Ön dişlerin çok ileride veya geride olduğu durumlarda bazı sesler doğru telaffuz edilemez ve konuşma problemleri ortaya çıkar. Bazı durumlarda sadece dişlerde değil, iskelet sisteminde de sorunlar görülebilir. Üst ve alt çenenin veya her ikisinin doğru konumda olmaması sebebiyle hasta çiğneme ve konuşma fonksiyonlarını yerine getiremez. Estetik olarak da belirgin iskeletsel asimetri görülebilir. Bu durumda ortodontik tedaviye ilaveten üst ve alt çenesini kapsayan bir cerrahi prosedür gerçekleştirilir. Ortognatik cerrahi denen bu tedavi sayesinde büyüme gelişimi tamamlanmış bireylerin de doğru çene ve diş kapanışa gelmesi ve eksik olan fonksiyonların düzeltilmesi sağlanır.
